I denne nye film har Sonic slået sig ned i Green Hill, hvor han vil bevise, at han er en ægte helt. Men snart vender Dr. Robotnik tilbage sammen med sin nye håndlanger Knuckles. Den gemene Robotnik leder efter en smaragd, der kan udslette civilisationer og føre hans onde planer ud i livet. Sammen med sin makker, den tohalede ræv Tails, drager Sonic derfor ud på et jordomspændende eventyr for at finde smaragden før Robotnik og hans håndlangere.